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節税効果が期待できます。
社会保険診療報酬基金から入金される際の源泉徴収がなくなるため、資金繰りが楽になります。
（ただし、理事報酬等の給与に対する源泉徴収は行います。）
役員（理事長・理事など）に対し、退職金の支給をすることができます。
医療法人契約の掛け捨て生命保険等、一定の契約条件を満たした生命保険契約や損害保険契約の保険料を損金（経費）にすることができます。法人契約にする事により、法人税と個人の家計費双方の負担が軽減されます。
社会的、対外的信用が向上し、金融面では事業資金調達力が強化されます。
設立当初2会計期間は、消費税の納税義務が免除される場合があります。
医療法人は、決算日を自由に設定することができます。
欠損金の繰越が7年間認められます。
医療法人のM&Aが可能となります。
医療法人における事業費と個人的な家事費とを明確に区分する事ができるため、個人的な恣意性による「どんぶり勘定」的な要素が排除できます。

理事や職員など医療法人に従事している方が、健康保険や厚生年金等の被保険者に該当する場合には、社会保険に加入しなくてはならないため医療法人の負担が増加します。
（ただし、健康保険については従来の医師（歯科医師）国民健康保険組合に加入し続けることができます。）
飲食やゴルフ接待などで支出した接待交際費については、法人税の計算上、資本金の額に応じて損金のとなる金額に限度があります。
原則として、法人税法上接待交際費として支出された金額の10％は、医療法人の損金になりません。
純資産の登記手続きなどの事務負担が増加します。
医療法人のお金は、院長の自由にはなりません。
医療法人契約の生命保険契約で、医療法人に保険金が入金になり、所得が発生した場合には、法人税などが発生します。(税金の負担についてはメリットと相対的なものとなります。)
持分の定めのない医療法人の場合解散時の残余財産の帰属先は、国・地方自治体・医師会等になります。
（※平成19年4月1日以降、持分の定めのある医療法人の新設は認められなくなりました。）

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